第二次世界大战给泽尼特的历史带来了新的变化。 战争期间，俱乐部被国家光学机械厂（后来的LOMO）接管，球员和教练员被疏散到喀山。 并非所有球员都前往喀山，有些球员继续住在列宁格勒，并在该城被围困期间参加了一些比赛。 队伍中有不少球员参加了战斗。 一些玩家战死沙场，另一些则在纳粹德国对列宁格勒的封锁中幸存。

1944年春天，泽尼特在苏联杯上取得惊人胜利后，他回到了家乡列宁格勒。 不幸的是，泽尼特未能巩固这一成就。 年复一年，球队的成绩每况愈下，1948年甚至有传言称球队可能解散。 1958年，来自莫斯科的乔治·扎尔科夫成为俱乐部第一位来自列宁格勒以外的主教练。 扎尔科夫重点关注在列宁格勒体育学校训练的球员。 虽然球队有不少列宁格勒本地人，但球队却从未跻身前三。

1960–1970

1963年，泽尼特差点再次夺得苏联杯冠军，但与胜利仅差一点。 泽尼特队球员瓦西里·达尼洛夫代表苏联在1966年世界杯上获得季军。 他还创造了泽尼特球员在苏联国家队出场次数最多的纪录：23场。

1967年，泽尼特在苏联联赛中排名垫底，但作为苏联十月革命50周年的奖励，球队避免了降级。 1970年代，随着叶夫根尼·戈良斯基的到来，泽尼特的成绩开始显着提高，但教练很快就被征召入国家队。 他的继任者佐宁试图用科学的方法来构建球队的打法。 但他的研究所能取得的最好成绩是1976年联赛第五名和1977年苏联杯半决赛。 1977年10月，泽尼特聘请了新教练尤里·莫罗佐夫。

1980年

20世纪70年代末接任泽尼特主帅的尤里·莫罗佐夫提出了他的新计划，但这一计划并不总是得到球员们的支持。 两年后，莫罗佐夫得出结论，他应该在列宁格勒足球界培养新一代年轻球员。 这一举动的效果超出了所有人的预期。 赛季结束后，泽尼特历史上首次排名苏联赛第三位。 1981年秋天，泽尼特首次亮相欧罗巴联赛。 然而，结果并不理想。 泽尼特两轮比赛分别以1:2和1:4的比分不敌德累斯顿迪纳摩。

1982年底，年轻教练帕维尔·费奥多罗维奇·萨德林接手泽尼特。 他成功地解放了球员在球场上更多的即兴发挥。 1984年，泽尼特历史上第三次闯入苏联杯决赛，但输给了莫斯科迪纳摩。 失败的经历只会让泽尼特球员之间的距离更加紧密。 球队通过努力，在联赛中不断进步，保持了联赛第一的位置。 1984年11月21日，泽尼特在赛季最后一场比赛中以4:1击败哈尔科夫冶金队，夺得苏​​联联赛冠军。 此后，有史以来第一次有四名泽尼特球员被征召入国家队。

1990年

1990年8月6日，LOMO正式停止支持泽尼特。 泽尼特足球俱乐部根据列宁格勒苏维埃执行委员会的法令成立为一家独立公司。 著名体育记者弗拉迪斯拉夫·古谢夫当选为球队首任主席。

这些变化对球队的处境没有帮助。 由于长期的财务和组织问题，球队表现越来越差，最终濒临降级。 1991赛季结束，泽尼特陷入降级区，降入乙级联赛。 只是由于苏联解体，泽尼特才被编入俄超联赛，并有幸重返顶级联赛。

然而，蓝白队最终还是降级。 泽尼特在俄罗斯乙级联赛挣扎了三年。 俱乐部多年来进行了彻底重组，并注册为封闭式股份公司。 球队命运的关键变化是萨德林重新担任教练。 他带领泽尼特重返顶级联赛，但很快就被阿纳托利·贝绍维茨取代。

贝肖维茨给球员带来了新的想法，外籍球员首次在泽尼特担任领导角色。 来自乌克兰、亚美尼亚、摩尔多瓦和白俄罗斯的球员都发挥了作用。 基于稳固防守和纪律的足球并不怎么赏心悦目，但这种战术对泽尼特来说非常有效。 球队新引进的廉价球员阿纳托利·维克托·达维多夫将一定程度的自由度与这种防守风格结合在一起。 这一举动使泽尼特在1999年5月26日赢得了俄罗斯杯冠军。

2000年

2000年，尤里·莫罗佐夫再次成为俱乐部新千年的舵手。 2001年，在他的带领下，泽尼特在俄超联赛中排名第三。 随后，捷克主帅弗拉基米尔·彼得塞拉接替了莫罗佐夫。 彼得格拉给了球队在球场上所需的自由度，泽尼特在2003年首次获得俄罗斯超级联赛第二名。次年，四名泽尼特球员参加了2004年欧洲杯，分别是维亚切斯拉夫·马拉菲耶夫、弗拉季斯拉夫·拉迪莫夫和俄罗斯国家队的亚历山大·科尔扎科。 丈夫弗拉基米尔·贝斯特罗夫。 另一位泽尼特球员帕维尔·马雷什曾代表捷克国家队参加了2004年欧洲杯，并帮助球队晋级半决赛。

泽尼特仍然需要一位能够带领球队更上一层楼的教练。 这位教练不是别人，正是荷兰足球专家阿德沃卡特。 2006年7月，他成为泽尼特队的主教练。 在本赛季最后一场对阵土星队的比赛中获胜后，泽尼特首次夺得俄超联赛冠军。 锦标赛成员包括球员维亚切斯拉夫·马拉费耶夫、卡米尔·康托法尔斯基、马丁·斯科特尔、金东进、亚历山大·安尤科夫、埃里克·哈根、伊维卡·克里扎纳茨、尼古拉·隆巴兹、尤里·列别杰夫、阿纳托利·季莫什丘克（队长）、康斯坦丁·齐亚诺夫、伊戈尔·杰尼索夫、拉德克·希尔、弗拉迪斯拉夫·拉迪莫夫、亚历山大·戈尔什科夫、费尔南多·里克森、伊利亚·马克西莫夫、安德烈·阿尔沙文、帕维尔·波格列布尼亚克、亚历杭德罗·多明格斯和法提赫·泰克。 2007年，俄罗斯足球年度最佳球员奖授予泽尼特球员康斯坦丁·齐亚诺夫。

2008 年春天，Advocaat 团队在国际上取得了成功。 在欧洲联盟杯淘汰赛中，球队先后击败了西班牙的比利亚雷亚尔、法国的马赛、德国的勒沃库森和拜仁慕尼黑。 随后泽尼特在决赛中凭借杰尼索夫和齐亚诺夫的进球以2-0击败苏格兰格拉斯哥流浪者队，从而赢得了令人垂涎的欧罗巴联赛冠军。 2008年欧洲杯，泽尼特五名球员（马拉菲耶夫、安尤科夫、什罗科夫、齐亚诺夫和阿尔沙文）代表俄罗斯国家队参加比赛并获得第三名。 姓名。 此外，阿尔沙文和齐亚诺夫双双入选2008年欧洲杯最佳阵容。

2008年8月29日，泽尼特在欧洲超级杯决赛中迎战欧冠冠军曼联。 凭借帕维尔·波格列布尼亚克和丹尼的进球，泽尼特以2:1获胜，成为第一支赢得欧洲超级杯的俄罗斯球队。

2008年秋天，泽尼特首次参加欧洲冠军联赛。 接下来的2009赛季，蓝白军团获得两项殊荣：一线队获得俄超联赛第三名，泽尼特青年队历史上首次获得俄罗斯青年锦标赛冠军。

2010年1月，泽尼特聘请意大利教练卢西亚诺·斯帕莱蒂带队。 上半赛季，泽尼特表现非常出色，10场比赛只打进3球，球队还夺得了历史上第二座俄罗斯杯冠军。 俄罗斯杯决赛的举办地是顿河畔罗斯托夫。 这也是俄罗斯杯决赛首次在莫斯科以外的地方举行。 罗曼·什罗科夫打进致胜点球，帮助泽尼特1:0击败新西伯利亚。 随后，2010年11月14日，在主场彼得罗夫斯基体育场，泽尼特以5:0的比分击败罗斯托夫，提前两轮第二次夺得俄超冠军。 本场比赛的进球者是丹科·拉佐维奇、谢尔盖·塞尔马克、科尔扎科夫和亚历山大·布克哈罗夫。